Les variants du Covid-19 inquiètent à cause de leur plus grande contagiosité et du risque épidémique global qu’ils représentent.
Face à eux, l’efficacité des vaccins et des anticorps doit-elle être remise en question ? Anne Goffard, virologue au CHU de Lille et au sein de l’institut Pasteur, a répondu aux questions de Monaco Hebdo.
à quand remonte l’apparition des premiers variants du Covid-19 ?
L’apparition de variants est un mécanisme naturel d’évolution des virus et notamment des coronavirus. Dès mars-avril 2020, on a vu des variations qui étaient regroupées sur un plan géographique. Dans la grande famille du SARS-Cov-2, beaucoup de virus différents ont commencé à apparaître. Mais on a constaté qu’en Europe, il existe un variant majoritaire. Ce variant majoritaire est un petit peu différent de celui qui circule en Asie, et il est aussi un petit peu différent de celui qui circule en Amérique du Nord. Mais, même si ces virus sont différents, ils ne donnent pas forcément une maladie plus grave. Et ils ne sont pas forcément plus contagieux que les autres.
Que s’est-il passé ensuite ?
En février 2020, on a donc vu apparaître un premier variant en Europe. Une étude américaine publiée pendant l’été 2020 (1), a évoqué la mutation D614G. Cette mutation est apparue dans la glycoprotéine S, qui est la protéine d’enveloppe qui permet à ce virus de s’accrocher aux cellules humaines. Cette mutation a permis au virus de devenir davantage contagieux pour l’humain. Du coup, petit à petit, les variants mutants se sont diffusés et ils sont devenus majoritaires. D’ailleurs, jusqu’en septembre 2020, tous les variants avaient la mutation D614G. Comme c’est un virus qui est plus contagieux, il a très logiquement pris la place de tous les autres.
Quelle est la part de ce virus mutant dans la première vague de Covid-19 que nous avons connue à Monaco et en France ?
Pour l’instant, on a du mal à évaluer la part de ce virus mutant dans la première vague de Covid-19. Mais il est probable qu’il a pesé, car on avait alors un virus plus infectieux que celui qui a émergé en décembre 2019.
Plus récemment, de nouveaux variants sont apparus, notamment en Grande-Bretagne, au Brésil et en Afrique du Sud ?
Aux alentours du 20 décembre 2020, les Britanniques nous ont décrit un variant. Et nous en avons eu deux autres, qui ont été décrits un petit peu après. Le variant britannique et le variant sud-africain partagent un certain nombre de mutations. Par exemple, le mutation D614G est présente chez ces deux variants, tout comme la mutation N501Y. Par contre, il y a des délétions [c’est-à-dire une mutation génétique caractérisée par la perte de matériel génétique sur un chromosome – NDLR] sur le variant britannique qu’on ne retrouve pas sur le variant sud-africain.
Quelles sont les principales caractéristiques de chacun de ces variants ?
La mutation N501Y sur la protéine S est située à proximité de la région Receptor binding domain (RBD), la région qui permet de s’accrocher aux récepteurs humains. Donc, les Anglais font l’hypothèse que cette mutation donne un virus qui est plus contagieux. Mais, pour l’instant, nous n’en avons pas la preuve scientifique.
En tout cas, désormais, le variant britannique est majoritaire en Grande-Bretagne ?
Probablement. Car il se passe chez eux ce qu’il s’est passé en Europe en février-mars 2020, lorsque le D614G est devenu majoritaire. Il faut comprendre que plus un coronavirus va circuler dans la population, et plus des variants vont apparaître. Or, ces variants sont apparus au Brésil, un pays où on a dit aux gens qu’ils pouvaient vivre normalement, sans risques. Et en Angleterre où, pendant longtemps, l’impact de cette épidémie a été minimisé, même si ça n’est plus le cas aujourd’hui.
Que sait-on du variant sud-africain, qui inquiète beaucoup actuellement ?
On a assez peu de données sur le variant sud-africain. Il semblerait qu’il soit davantage contagieux. Pour le variant brésilien, il est encore plus difficile d’en parler, car nous n’avons pas encore la liste des mutations.
« L’apparition de variants est un mécanisme naturel d’évolution des virus et notamment des coronavirus »
Ces variants sont-ils plus mortels ?
Ce qui est inquiétant, c’est que tous ces variants sont davantage contagieux. Car, d’après ce que l’on sait, ces variants ont tous la mutation N501Y, qui les rend plus contagieux. Mais, aujourd’hui [cette interview a été réalisée le 18 janvier 2021 – NDLR], on ne dispose d’aucun argument pour affirmer que ces variants peuvent déboucher sur une maladie plus grave.
Pourquoi dit-on qu’un virus très contagieux est plus dangereux qu’un virus très mortel ?
Nous sommes toujours face à ce ratio : par rapport au nombre total de malades, environ 15 à 20 % devront être hospitalisés. Or, plus il y a de monde hospitalisé et plus le nombre de décès peut, potentiellement, augmenter. Donc le nombre de morts peut augmenter, sans, pour autant, que la maladie, en elle-même, ne soit plus grave. Face à un virus qui serait davantage mortel, mais qui se diffuserait très mal dans la population, on va isoler très strictement les malades, et, à un moment donné, l’épidémie va s’éteindre.
Les tests PCR sont-ils capables de détecter la totalité de ces variants ?
C’est l’une des différences entre le variant britannique et le variant sud-africain : le variant britannique a des délétions dans la glycoprotéine S, qui est la région ciblée par certains tests PCR. Donc, quand les Anglais ont publié leur étude, ils ont indiqué que les tests PCR ne fonctionneraient pas avec ce variant. Sauf qu’aujourd’hui, tous les tests PCR commercialisés sont des tests qui recherchent plusieurs régions du génome du SARS-Cov-2. Il y a effectivement très souvent une recherche sur une partie de la glycoprotéine S, mais aussi sur le fragment du gène de la polymerase, sur un fragment du gène de la protéine E… Donc il n’y a pas de faux négatifs. Mais si on veut s’assurer qu’il s’agit bien du variant britannique ou sud-africain, il faut utiliser une autre technologie.
Laquelle ?
Pour s’assurer qu’il s’agit bien du variant britannique ou sud-africain, il faut utiliser le séquençage. Mais cette technologie nécessite plusieurs jours avant de déboucher sur un résultat, donc le séquençage ne peut pas être fait de façon systématique chez tous les patients. De plus, tous les laboratoires ne sont pas équipés de séquenceurs.
Où trouve-t-on des séquenceurs ?
Dans les CHU, on est équipé, car on utilise des séquenceurs pour étudier d’autres maladies, notamment pour suivre les patients infectés par le VIH, l’hépatite B ou C. Mais ce matériel n’est pas systématiquement présent dans tous les laboratoires de biologie.
Quel est l’intérêt de détecter à quel type de variant on fait face ?
Savoir quel type de variant a contaminé une personne n’a pas d’intérêt pour mieux soigner. En revanche, l’intérêt, c’est de pouvoir observer l’arrivée des variants. Et lorsqu’on a un variant plus infectieux, cela permet de savoir qu’il faut peut-être renforcer les gestes barrières ou qu’il faut davantage confiner. Il est donc important de séquencer un petit peu, mais on ne peut pas le faire massivement, parce que c’est trop long. Je ne sais pas combien les autorités de santé demandent de séquençage, c’est peut-être plus de 1 % ou moins.
Les vaccins actuellement disponibles protègent-ils de ces variants ?
Pour le moment [cette interview a été réalisée le 18 janvier 2021 – NDLR], nous avons des informations sur trois vaccins : le Pfizer, le Moderna et l’AstraZeneca. Les autres sont encore en cours d’études. Du coup, les essais cliniques qui se déroulent actuellement vont tester l’efficacité de ces vaccins face à ces variants. Pour les trois vaccins qui sont actuellement en plein déploiement, on injecte de l’ARN qui code la protéine S complète. Donc, quand une personne a été vaccinée, elle produit des anticorps contre toute la protéine, et pas seulement contre la région qui a muté. Pour l’instant, il n’y a pas encore assez de mutations, ou une mutation qui ait un impact assez fort, pour que les vaccins ne soient plus efficaces. Ce qui ne veut pas dire qu’il ne faudra pas changer les vaccins dans 6 mois ou dans un an. Car si les mutations continuent de s’accumuler, il faudra probablement adapter les vaccins, comme on le fait chaque année pour la grippe saisonnière. Mais, à la date d’aujourd’hui, il semblerait que cela ne soit pas nécessaire.
En Norvège, presque tous les résidents des maisons de retraite ont reçu la première dose du vaccin Pfizer-BioNTech et 33 décès post-vaccination étaient recensés à la mi-janvier 2021 : cela vous inquiète-t-il ?
Cela me surprend. Je ne connais pas les causes de ces décès. S’agit-il de personnes victimes, par exemple, de fièvres après la vaccination ? Ce qui a pu entraîner une déshydratation, et, du coup, un décès, car les personnes âgées sont très sensibles à la déshydratation ? Je n’ai pas d’informations médicales sur ces patients. Mais je suis très étonnée de voir que des décès pourraient être causés par un vaccin.
Mais les vaccins ont parfois des effets secondaires ?
Les effets indésirables du vaccin contre le Covid-19, c’est parfois de la fièvre dans les 24 ou 48 heures qui suivent la vaccination. En général, on prend du paracétamol, et ça passe. Chez des sujets très âgés et qui souffrent d’autres pathologies, cette fièvre peut entraîner des décompensations, et être suffisamment grave pour être la raison d’un décès. Mais je ne suis pas hyper inquiète, car, désormais, plusieurs milliers de personnes ont été vaccinées dans le monde, et elles ne décèdent pas.
Reste donc à connaître plus précisément les effets de ces vaccins sur les personnes âgées ?
Les personnes très âgées ne sont pas inclues dans les essais cliniques. Donc, l’une des interrogations que l’on a eu lorsque ces vaccins sont sortis a très logiquement concerné les sujets très âgés. Il faudra regarder tout ça de près, avec les informations médicales nécessaires.
Il faudra donc se faire vacciner chaque année contre le Covid, comme on le fait contre la grippe saisonnière ?
C’est possible. Mais, pour l’instant, comme on n’a pas suffisamment de recul, on ne sait pas. En tout cas, il peut y avoir deux raisons qui font qu’il faudra se faire vacciner chaque année. La première raison, c’est l’apparition de variants qui font que le virus est un peu différent à chaque fois. La deuxième raison, c’est que l’on n’a jamais utilisé de vaccins contre les coronavirus. C’est une avancée technologique énorme, mais on n’a pas de recul sur la durée de la protection, à la fois liée à l’infection naturelle, et liée à la vaccination. Pour le moment, ça reste la grande inconnue de cette maladie.
Une fois vacciné, il est vraiment impossible, pour le moment, mi-janvier 2021, de savoir pendant combien de temps on est protégé du Covid-19 ?
En immunologie, il y a des variations individuelles qui sont très fortes. Certaines personnes vont continuer à être protégées au bout d’un an et d’autres, au bout de trois mois, ce sera fini. Il est donc très compliqué de répondre à cette question.
« Pour l’instant, il n’y a pas encore assez de mutations, ou une mutation qui ait un impact assez fort, pour que les vaccins ne soient plus efficaces. Ce qui ne veut pas dire qu’il ne faudra pas changer les vaccins dans 6 mois ou dans un an »
Il sera possible de répondre à cette question d’ici combien de temps ?
Les essais cliniques pour les trois vaccins qui sont en cours de déploiement ont démarré pendant l’été 2020. Les patients qui ont été inclus dans ces essais cliniques vont être suivis pendant au moins un an. Donc, nous connaîtrons probablement la durée de protection offerte par ces vaccins d’ici l’été 2021.
Faut-il s’attendre à ce que de nouveaux variants soient découverts dans les mois à venir ?
Si on laisse l’infection évoluer de manière naturelle, c’est-à-dire sans rien faire, d’autres variants vont forcément apparaître. Mais nous avons deux moyens d’action. Il y a d’abord le respect des gestes barrières, et ensuite la vaccination. Tout simplement parce que ces deux éléments limitent la circulation du virus. Moins un virus circule, moins il y a de mutants.
Au vu de la multiplication de ces variants, faut-il changer de stratégie ?
L’apparition de ces variants peut éventuellement entraîner une dynamique de la pandémie qui est différente. Et, du coup, nous obliger à confiner à nouveau la population. Le médecin épidémiologiste et chercheur Arnaud Fontanet estime qu’il faudrait reconfiner au mois de mars 2021 à cause du variant britannique. Ce n’est pas ma spécialité, donc je ne vais pas en dire plus sur ce sujet.
Êtes-vous favorable au passeport vaccinal, sur lequel les gouvernements monégasque et français semblent, pour l’instant, assez réticents ?
Ça ne me choquerait pas. Ça existe déjà. Pour aller dans certains pays d’Afrique, il faut être vacciné contre la fièvre jaune. Mais ce sera une décision politique. Il ne s’agit pas d’une décision technique ou médicale. De plus, il y a déjà des pays, et la France en fait partie, qui imposent un test PCR négatif avant de pouvoir entrer sur leurs territoires. Dans ce cas là, ce n’est pas un passeport vaccinal, c’est un passeport de santé.
Pour atteindre l’immunité, il faudra nécessairement vacciner 75 % de la population ?
Il faut distinguer les personnes qui sont vaccinées des personnes qui ont fait l’infection naturellement. Car ces deux catégories sont protégées. Le curseur est probablement à mettre entre 50 et 75 % de la population. Dès qu’on aura dépassé les 50 % de personnes vaccinées, ou qui auront été infectées par le Covid-19, cela devrait commencer à avoir un impact sur la pandémie.
Mais en quelques mois, certaines personnes ont attrapé deux fois le Covid-19 : donc, même rares, les cas de réinfections sont possibles ?
Effectivement, des gens ont été réinfectés. Ce phénomène commence à être décrit scientifiquement. La bonne nouvelle, c’est que les personnes qui sont réinfectées développent des formes vraiment très peu graves de la maladie. Dans les essais cliniques, des gens ont été vaccinés et ont attrapé le Covid-19. Mais ces personnes-là n’ont pas été hospitalisées. Donc les vaccins protègent aussi contre des formes graves du Covid-19. C’est pour ça que dans la stratégie européenne et nationale, la priorité a été donnée aux personnes âgées. Parce qu’on sait que, potentiellement, même vaccinés, les seniors peuvent attraper le Covid-19. Mais ils auront des formes de la maladie peu graves.
1) Cette étude est consultable ici : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420308205.
